Во время раскопок на Архиерейском кладбище, которые проводятся сотрудниками Камской археологической экспедиции, были найдены фрагменты надгробия Преосвященного Иоанна II, Епископа Пермского и Соликамского, и его матери Екатерины Васильевны Алексеевой.
Надгробный памятник представлял собой мраморный саркофаг. На крышке саркофага – изображение Голгофского Креста и орудий Христовых Страстей; на надгробии можно прочитать надписи: «Епископ Пермский и Соликамский Иоанн. Род. 16 июля 1861 г. Скончался 1-го января 1905 года» и «Матерь его Екатерина Васильевна Алексеева. Род. 19 ноября 1835 г. Скончалась 15 января 1903 года».
Преосвященный Иоанн II (Алексеев; 1861–1905) пребывал на Пермской кафедре в 1902–1905 годах. При нем началось строительство множества храмов – в т. ч. в честь Вознесения Господня города Перми, во имя святого Равноапостольного Великого Князя Владимира города Перми, Крестовоздвиженского собора Белогорского монастыря. Кроме того, многие храмы были перестроены и поновлены; в 1903 году был основан Серафимо-Алексеевский скит Белогорской обители. Владыка Иоанн запомнился пермякам как «Святитель, полный Христовой любви к своей пастве», как «душа вверенной ему Епархии, ее отец, руководитель и хранитель».
Епископ Иоанн скончался в первый день 1905 года на 44-м году жизни. Вопреки сложившейся традиции погребать тела Пермских Архипастырей в специально устроенном склепе под алтарем летнего храма Спасо-Преображенского Собора Владыка, ради сыновнего почтения, завещал похоронить его на Архиерейском кладбище рядом с матерью Екатериной Васильевной Алексеевой (1835–1903), которая воспитывала его после смерти супруга в молодом возрасте.
Надгробный памятник Епископа Иоанна и его матери был разбит на куски в 1931 году, во время устройства зоопарка на территории Архиерейского кладбища.
