В 1560 году в основанном Иоанникием Строгановым военном городке Конкор (ныне село Пыскор) этим же купцом и солепромышленником началось строительство Спасо-Преображенского монастыря. Становление и деятельность монастыря имеет богатую историю, включающую в себя как духовный расцвет, так и упадок жизнедеятельности прикамской обители. В ХVII – XVIII веках Московские Патриархи и Мирополиты придавали огромное значение Пыскорскому монастырю как религиозно-нравственному оплоту христианства в Прикамье, крупнейшему центру миссионерства на Урале. Спасо-Преображенская обитель являлась также оплотом технико-хозяйственных преобразований, и в определенные периоды времени – центром культуры и развития ремесел.
Но в 1775 году Пыскорский Спасо-Преображенский монастырь был упразднен, а после открытия в 1781 году Пермского наместничества, по ходатайству генерал-губернатора Пермского и Тобольского Евгения Петровича Кашкина, Екатериной II было «высочайше повелено монастырь сей перевесть… во вновь устроенный город Пермь с наименованием вместо Пыскорского Пермским Преображенским же».
Развивающаяся обитель стала нуждаться в новом просторном храме. И в 1798 году, по благословению епископа Вятского и Великопермского Амвросия в монастыре началось строительство летнего собора в честь Преображения Господня. Его закладку в 1798 году освятил присланный из Вятки игумен Евсевий. Предполагалось построить храм, равного которому в губернии до того времени не было. Для этой цели был сделан заем крупной суммы денег под залог лучшей из митр, хранившихся в пыскорской монастырской ризнице.
16 декабря 1799 г. указом Императора Павла I была учреждена самостоятельная Пермская епархия. Для размещения епархиального центра был избран мужской Спасо-Преображенский монастырь, преобразованный в Архиерейский дом. Строящемуся монастырскому храму суждено было стать главным храмом Пермской епархии – Спасо-Преображенским Кафедральным собором.
Планы архитекторов, взявшихся за строительство, были поистине грандиозными, поэтому возведение собора продолжалось медленно и заканчивалось с большими трудностями. В 1819 г. епископом Иустином был освящен в честь Преображения Господня летний храм Кафедрального собора. В нем был установлен иконостас из древнего Пыскорского Преображенского храма с иконами, написанными в 1762 г. академиком Базилевским.
В 1808 г. по ходатайству президента Императорской Академии художеств графа Александра Сергеевича Строганова Император Александр I пожертвовал во вновь строящийся в Перми Кафедральный собор дорогой иконостас из разноцветного уральского мрамора. Но из-за малой высоты придела иконостас – настоящее произведение искусства, поместился в соборе только в усеченном виде, без верхнего яруса, что умалило его красоту и изящество. Со своей стороны, граф Строганов пожертвовал для подаренного Императором иконостаса дорогие иконы, написанные известными петербургскими мастерами живописи: Угрюмовым, Егоровым, Шебуевым, Витбергом, Боровиковским и Бессоновым.
Весной 1818 года, когда строительство Спасо-Преображенского собора близилось к завершению, Преосвященный Иустин, епископ Пермский и Екатеринбургский, совершил закладку большой каменной соборной колокольни. Строительство началось по проекту губернского архитектора Петра Тимофеевича Васильева. Его проект был признан превосходнее проекта, предложенного известным итальянским мастером Луиджи Руска.
Колокольня собора успешно возводилась с лета 1819 до осени 1824 года. За это время был выстроен первый этаж колокольни с колоннами и фронтонами. Строительные работы оплачивали меценаты, также для этой цели были заняты деньги у Верхотурского Николаевского мужского монастыря, Вятского Кафедрального собора и Пермской казенной палаты.
В 1825 году из-за недостатка средств строительство колокольни было преостановлено. И только в 1828 году, когда на Пермскую кафедру был назначен епископ Пермский и Екатеринбургский Мелетий (Леонтович), дело вновь получило развитие.
Новый подрядный договор на сооружение соборной колокольни был заключен с каменных дел мастером Андреем Петровым Гусевым. В течение лета 1829 года ему удалось завершить второй этаж грандиозного сооружения. В том же году был изменен первоначальный проект третьего и четвертого ярусов колокольни: новый вариант включал в себя высокий шпиль, увенчанный «крестом с распятием между сиянием и шаром из красной меди и вызолоченным же червонным через огонь золотом». После одобрения проекта Святейшим Синодом в 1831 году строительство было продолжено.
8 сентября 1831 г., в присутствии двух архипастырей: епископа Мелетия (Леонтовича) и его преемника по кафедре епископа Аркадия (Федорова), на еще недостроенную, без верхнего яруса каменную колокольню Спасо-Преображенского собора, были подняты старинные колокола бывшего Пыскорского монастыря. В конце 1832 года строительство соборной колокольни было завершено. По мнению пермского духовенства, кафедральная колокольня своим величественным видом и грандиозной высотой напоминала колокольню Московского Новоспасского монастыря.
Церковная ризница для Кафедрального собора частично перешла по наследству от бывшего Пыскорского монастыря, частично поступила из Суздальского Архиерейского дома. Ее составляли золотые под чернью сосуды, потиры, дискосы, большое обложенное бриллиантами Евангелие с образом Господа Вседержителя, лампады и подсвечники из серебра, облачения и митры, отделанные драгоценными камнями. При епископе Дионисии (Цветаеве) ризницу собора пополнила великолепная плащаница, изготовленная в Екатеринбургском Ново-Тихвинском девичьем монастыре, расшитая по малиновому бархату золотом и серебром, украшенная китайским жемчугом и драгоценными камнями.
В 1840-е годы благоукрашение Спасо-Преображенского храма продолжалось. Огромный купол и стены в холодном приделе были расписаны талантливыми пермскими художниками-иконописцами – Никитой Казаковым и Петром Лодейщиковым – крепостными крестьянами. По ходатайству герцога Максимилиана Лейхтенбергского, восхищенного работой крепостных мастеров, оба они получили свободу и поступили в Императорскую Академию художеств. По благословению правящего архиерея в холодном храме за клиросами установили два огромных кивота с изящной резьбой и позолотой для размещения величественных икон святителя Стефана Великопермского и святителя Митрофана Воронежского. В 1849 году по распоряжению Святейшего Синода из Супрасльского Благовещенского монастыря Литовской епархии в Пермский Кафедральный собор передали для хранения посох святителя Стефана. По традиции, посох Пермского Первосвятителя торжественно вручался архипастырям Пермской епархии по прибытии их на кафедру.
В 1853 — 1854 гг. архиепископ Неофит (Соснин) утвердил проект реконструкции уже обветшавшего Спасо-Преображенского собора. В результате реконструкции колокольня и собор были соединены крытой наземной галереей, а колокольня с южной стороны связана с Архиерейским домом. Стефановский теплый храм был увеличен в размерах, обновлен его интерьер. Мраморный иконостас был поновлен и украшен золоченой резьбой. К несчастью, мастерство иконописца оказалось невысоким, в результате чего драгоценные произведения знаменитых русских живописцев в иконостасе были варварски испорчены неумелой рукой местного «маляра». Своды и стены собора в некоторых местах были украшены фресками с изображением святых, у стен выставлены знамена пермских ополченцев, участвовавших в Крымской войне 1853-1856 годов.
К концу ХIХ века Спасо-Преображенский Кафедральный собор стал тесен для молящихся, так как город развивался, и население его быстро увеличивалось. В связи с этими обстоятельствами епископ Пермский и Соликамский Петр (Лосев) благословил реконструировать здание собора, что и было выполнено при участии архитектора А. Б. Турчевича. В период с 1892 по 1893 года здание храма было значительно расширено боковыми пристроями, в которых были устроены два придела, увенчанные главками с луковичными завершениями. Правый придел освящен в честь святого Иоанна Предтечи, левый – во имя святителя Димитрия Ростовского, чудотворца. Помимо этого, за правым клиросом освящен придел в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Таким образом, после реконструкции собор стал пятипрестольным.
В новых приделах были установлены небольшие двухъярусные позолоченные иконостасы, с двенадцатью иконами в сребропозлащенных ризах в каждом. Внутри северного и южного приделов стены и своды выкрашены масляной краской. Своды, колонны и простенки между окнами расписаны изображением святых. Стены и свод Стефановского храма украшены живописными сценами из Священной и Церковной истории, житий святых угодников, а также орнаментом.
В 1901 году строительно-техническое бюро А.Б. Турчевича продолжило работы по реконструкции Спасо-Преображенского собора. Архитектор увеличил левое крыло колокольни, которое по длине стало равным правой переходной галерее, ведущей в Архиерейский дом. Оба крыла, по его замыслу, получили одинаковое одноэтажное оконное членение; два крыльца, находившиеся с фасадной стороны Архиерейского дома, Турчевич убрал, вход перенес в угловую часть.
Несмотря на незначительное количество декоративных элементов, грубо прорисованные капители колонн и пилястр, в целом Кафедральный храм имел великолепный вид. Спасо-Преображенский собор стал символом Перми и украшением архитектурного облика губернской столицы.
В разные годы в Кафедральном храме, посещая губернский город Пермь, молились Царственные особы и близкие родственники Императоров России: Император Александр I (1824 год), цесаревич Александр Николаевич – будущий Император Александр II (1837 год), герцог Максимилиан Лейхтенбергский – зять Императора Николая I (1845 год), великая княгиня Елизавета Феодоровна Романова (1914 год).
В Спасо-Преображенском соборе служили гостившие в Перми известные церковные иерархи и священнослужители. Так, 26 июня 1904 года Божественную литургию в Кафедральном храме совершил святой праведный Иоанн Кронштадтский. А 25 декабря 1916 г., в праздник Рождества Христова, епископу Пермскому и Кунгурскому Андронику (Никольскому) при совершении Божественной литургии сослужил архиепископ Литовский Тихон (Беллавин), будущий Всероссийский Патриарх.
Спасо-Преображенский собор являлся усыпальницей пермских иерархов ХIХ – начала ХХ веков. Здесь упокоились пять архиереев. Трое из них – епископы Иустин (Вишневский), Вассиан (Чудновский) и Петр (Лосев) – были погребены под алтарем собора. Епископы Иоанн (Островский) и Иоанн (Алексеев) были захоронены на кладбище перед алтарем.
Главный храм Пермской епархии славился своими ревностными пастырями. Крупным церковным деятелем Прикамья являлся протоиерей Александр Матвеевич Луканин. С 1871 по 1889 гг. он служил в должности настоятеля собора, одновременно нес послушание в качестве редактора газеты «Пермские епархиальные ведомости». По воспоминаниям современников, отец Александр отличался выдержанностью и скромностью. Примером своей жизни он утверждал дух смирения, благочестия и преданности идеалам христианства. Авторитет батюшке придавали также его высокая образованность и предпринятые им научные труды в области церковной археологии. Завершив свой земной путь 7 ноября 1889 года, протоиерей Александр Луканин был погребен в ограде Спасо-Преображенского Кафедрального сбора.
Еще одним пастырем, оставившим глубокий след в истории Пермской епархии, стал протоиерей Александр Александрович Воскресенский, бывший настоятелем Кафедрального храма с 1889 по 1923 годы. Среди пермского духовенства отец Александр отличался особым благоговением к храму Божиему, сознанием высоты священного сана и пастырского долга, за что пользовался всеобщим уважением. Его называли человеком долга и службы, о чем свидетельствуют и многочисленные церковные награды. За усердное служение Церкви и Отечеству протоиерей Александр Воскресенский был награжден шестью орденами Российской Империи.
В начале ХХ века Спасо-Преображенский собор переживал расцвет церковно-певческого искусства. Здесь был образован сводный хор певчих архиерейского хора и трех епархиальных учебных заведений: Пермской духовной семинарии, духовного училища и Пермского епархиального женского училища. Этот огромный коллектив, состоявший из двухсот певчих, потрясал молящихся за архиерейскими богослужениями могучим стройным пением.
От Соборной площади брали свое начало традиционные крестные ходы. Ежегодно в Рождественский сочельник 24 декабря, крестный ход во главе с архипастырем направлялся из Кафедрального храма на реку Каму. Там, у специально вырубленной иордани совершалось Великое освящение воды. Крестный ход сопровождался оркестром военных музыкантов, исполнявших государственные гимны.
Спасо-Преображенский собор в течение многих десятилетий являлся центром церковно-общественной жизни Пермского края. С его амвона жители города узнавали о важнейших событиях в государственной жизни страны: о смерти Императоров, рождении Наследников престола и членов Императорской фамилии, о положении на фронтах во время войны, об изменениях в церковном управлении. 26 февраля 1917 года в Кафедральном храме был рукоположен во епископа Соликамского, викария Пермской епархии, ректор Пермской духовной семинарии, священномученик архимандрит Феофан (Ильменский).
После февральского переворота 1917 года, 5 марта с амвона Спасо-Преображенского собора архиепископ Пермский и Кунгурский Андроник сообщил во множестве собравшемуся народу об отречении от престола Императора Николая II. «Вы ждете от меня слова. Что же могу сказать вам я, многогрешный…? Не стало у нас Царя… Как триста лет тому назад, в лихолетье, разворовали Отечество подлые людишки и ввергли его в погибель, так и ныне до этого довели безчестные царские слуги… Царь, беззаветно любивший народ и желавший ему одного только блага, сложил с себя царскую корону… Пусть всякий знает: Отечество в Опасности; оно потрясено в основах своих …», – провозгласил Владыка. 4 июня 1918 года ревностный Архипастырь был арестован, и в ночь на 7 июня расстрелян.
В годы революции и Гражданской войны Кафедральный храм сохранял свое духовное значение в жизни Прикамья. Именно здесь 6 февраля 1919 года пермяки торжественно встречали Верховного правителя России адмирала Александра Васильевича Колчака, под руководством которого 11 декабря Добровольческая Сибирская армия освободила Пермь от большевиков.
Спасо-Преображенский собор 25 мая 1919 года праздновал свое 100-летие. Юбилей пришелся на день Святой Троицы, что придало празднику еще большую торжественность.
В июне 1919 года советская власть в Перми была восстановлена. Продолжая репрессивную политику по отношению к православному духовенству и Русской Церкви, большевики безжалостно разрушали и грабили народные святыни. В 1920-е годы пострадал и Кафедральный собор. Его мраморный иконостас был демонтирован, разобран и вывезен, разграблению подверглась богатая ризница храма. С икон сняты серебряные и позолоченные ризы, конфискованы старинные облачения, митры, панагии. Бесследно исчез серебряный, покрытый золотом ковчег с частицей мощей святителя Стефана Пермского.
За сопротивление изъятию церковных ценностей 9 декабря 1922 года были арестованы епископ Пермский Сильвестр (Братановский) и члены церковного совета Кафедрального собора. Им были предъявлены незаслуженные претензии в порче церковной ризницы. После разбирательства власти передали Кафедральный храм приверженцам обновленческого раскола.
Президиум ВЦИК 26 марта 1931 года президиум ВЦИК одобрил Постановление Уральского облисполкома о закрытии Спасо-Преображенского собора и переводе в его здание научно-промышленного музея. В том же году был составлен проект реконструкции здания храма для размещения в нем художественной галереи и научно-краеведческой библиотеки. 10 июля 1932 года вышло окончательное постановление ВЦИК: «Указанный собор ликвидировать».
После окончания Великой Отечественной войны, в 1946 году верующие Молотовской епархии во главе с архиепископом Молотовским и Соликамским Иоанном (Лавриненко) обратились в органы государственной власти с ходатайством об открытии Преображенского собора. Но 15 января 1947 г. Исполком горсовета и уполномоченный Совета по делам Русской Православной Церкви ответили отказом, так как «…здание было полностью переоборудовано под художественную галерею с большими затратами средств».
В настоящее время в здании Спасо-Преображенского Кафедрального собора по-прежнему размещается Пермская государственная художественная галерея. Однако время пребывания этого учреждения в древних стенах намоленного храма уже истекает: благодаря усилиям митрополита Пермского и Соликамского Мефодия (Немцова) дело возвращения главной святыни Пермской епархии сдвинулось с мертвой точки. Несмотря на активное сопротивление незначительной части общественности Перми, негативно настроенной к Церкви, 6 декабря 2011 года Федеральное агентство по управлению госимуществом приняло решение передать здание Спасо-Преображенского Кафедрального собора Пермской епархии.