В 1781 году был закрыт Егошихинский медеплавильный завод и «на месте притонов людей отчаянных» образован город Пермь. Первый Пермский генерал-губернатор Е. П. Кашкин призвал принять участие в станновлении губернского горлда государственных разночинцев — состоятельных людей купеческого и мещанского сословий из старых уральских городов: Кунгура, Соликамска и Чердыни. Откликнувшись на призыв губернатора, многие богатые жители оставили свои родовые места и переехали в столицу новообразованной губернии.
Благодаря притоку частных капиталов губернский город быстро расширился и видоизменился в соответствии с его новым административным значением. Высокий политический статус губернского центра и растущие духовные потребности горожан побудили губернскую и городскую администрацию начать в Перми строительство новых церквей.
Вторым каменным храмом, воздвигнутым в Перми, стала церковь Рождества Пресвятой Богородицы. Ее возведение связано с именем купца 2-ой гильдии Василия Герасимовича Лапина. По преданию соликамский купец Лапин вел морскую торговлю с дальними странами Запада и Востока: Англией, Индией и Китаем. В один из своих вояжей, перевозя товары в Тихом океане, он попал в сильный шторм. Корабль разбился о скалы, а сам Лапин был выброшен на необитаемый берег вместе с обломками судна и остатками груза. Оказавшись в отчаянном положении, купец стал молить Бога и Пресвятую Богородицу о спасении. Он дал обет – если избежит смерти, построит церковь во имя заступницы – Богородицы. Через несколько дней его подобрал английский корабль. Возвратившись на родину, Василий Герасимович навсегда оставил морскую торговлю. О данном обете купец не забыл и решил построить в губернском городе на свои средства новый храм, посвященной Пресвятой Богородице. В марте 1786 года с просьбой о содействии в богоугодном деле Лапин обратился к Пермскому и Тобольскому наместнику генерал — поручику Евгений Петрович Кашкину, сообщая, что уже летом готов приступить к строительству церкви.
Кашкин со вниманием отнесся к просьбе купца и в личном письме убедил епископа Вятского Лаврентия в том, что в городе Перми обществу «одной церкви весьма недостаточно».
В октябре 1787 года Вятская духовная консистория прислала в Пермь указ Святейшего Правительствующего Синода и «храмозданную грамоту» епископа Вятского и Великопермского Лаврентия, разрешающие купцу Лапину строить в губернском городе Перми каменную церковь во имя Пресвятой Богородицы.
В том же году Василий Герасимович Лапин был избран городским головой. Высокое положение в обществе способствовало успеху задуманного дела: Лапину удалось организовать сбор средств на строительство церкви. От себя Василий Лапин пожертвовал две тысячи рублей и строительный материал: кирпич, бутовый камень и известь.
Весной 1787 г. на улице Покровской, недалеко от дома купца Лапина был заложена каменная церковь. Строительство шло быстро. Прошло менее двух лет, и вот 23 декабря 1789 года было закончено сооружение нижнего этажа храма, освященный в честь Владимирской иконы Божией Матери. Вскоре началось строительство верхнего этажа, где был устроен главный придел в честь Рождества Пресвятой Богородицы.
С течением времени здание церкви меняло свой архитектурный облик. В 1830-е — 1840-е годы храм был расширирен боковыми приделами. На нижнем этаже устроены: северный придел во имя Святителя и Чудотворца Николая, южный – во имя Трех святителей – Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого. На верхнем этаже: северный – во имя святой мученицы Агриппины, южный – в честь Воздвижения Креста Господня Таким образом, Богородице-Рождественская церковь стала шести престольной.
По своим архитектурным параметрам здание Рождество-Богородицкой церкви представляло собой довольно большое сооружение. Здание церкви было прямоугольным, с боковыми приделами. Над вторым этажом возвышались купол с окнами и колокольня на восьмерике. Окна в верхней церкви размещены в два яруса. Крыши церкви и колокольни были покрыты железом, кресты и главы вызолочены. Круглыми окна в куполе украшены сделанными из железа и вызолоченными изображеними четырех трубящих ангелов. На фоне одноэтажной, чаще деревянной городской застройки церковь выделялась своими внушительными размерами и величественным видом. Высота колокольни со шпилем составляла около 53 метров. Храм был необычным по своей конструкции и редким для Перми примером двухэтажной храмовой постройки. Позднее идея завершения колокольни Рождество-Богородицкой церкви шпилем повторилась в колокольне Спасо-Преображенского собора.
В классическом по стилю ансамбле губернского города Перми конца XVIII — первый трети XIX веков Богородице-Рождественская церковь стала неотъемлемой градообразующей компонентой его центральной части – на изгибе улицы Покровской. Увенчанное высокой колокольней здание храма входило в сложную перекличку с другими архитектурными маяками: Спасо-Преображенским кафедральным собором, Свято-Троицкой единоверческой церковью на Сенной площади. Все храмы соразмерялись с профилем старинного Петропавловского собора.
Несмотря на изящную постройку здания, Рождество-Богородицкий храм во внутреннем своем убранстве производил впечатление обыкновенной сельской церкви. В его иконостасах не было дорогостоящих серебряных и позолоченных риз, не было ни настенной живописи, ни богатой церковной утвари и ризницы.
Внутреннее украшение началось после избрания в 1864 году старостой церкви Кондратия Адриановича Сорокина. Его трудами в главном приделе церкви был устроен величественный пятиярусный иконостас, сооружены иконостасы и в двух боковых приделах. Стены храма украшены богатой настенной живописью. В 1872 были расписаны стены нижней церкви. В эти годы церковь Рождества Пресвятой Богородицы по своему внутреннему убранству, обилию церковной утвари и ризницы стала одним из богатейших и красивейших храмов Перми. Ежедневно жители города слышали раскатистый звон десяти колоколов, общим весом 12590 кг, установленных на колокольне.
К Рождество-Богородицкой церкви была приписана каменная часовня во имя Святителя и Чудотворца Николая, построенная внутри гостиного двора в память изгнания французов из Москвы и победы в Отечественной войне 1812 года. Ежегодно 9 мая (ст. стиля) в день памяти Святителя Николая, к этой часовне из Рождество-Богородицкой церкви совершался крестный ход.
Богородице-Рождественская церковь стала не только богослужебным, но и просветительским центром. Здесь проходили совещания по вопросам культуры, образования, торжественные собрания городского общества, посвященные памятным датам.
27 декабря 1889 года, в день празднования 100-летия храма Рождества Пресвятой Богородицы, благотворителями храма было принято решение об открытии приходского попечительства, которое взяло бы на себя обязанность содержать совместно с храмом церковно-приходскую школу и помогать бедным. Первая церковно-приходская школа при Рождество-Богородицкой церкви была открыта 14 ноября 1888 года – в память о чудесном спасении Царской семьи 17 октября при крушении поезда на Курско-Азовской железной дороге. Школа была одноклассной, и располагалась в съемном помещении. В 1890 году школа была преобразована в двухклассную и переведена в новое каменное здание при часовне Святителя Стефана Великопермского.
В том же году при Богородице-Рождественской церкви была открыта женская одноклассная школа. Через пять лет на средства благотворителей недалеко от церкви было выстроено новое двухэтажное кирпичное здание для школы. Учебное заведение состояло из трех отделений (классов), обучение являлось бесплатным, учебники детям выдавались также безвозмездно.
Преподавательской деятельностью в школе занимались священнослужители Рождество-Богородицкой церкви. Долгое время заведующим и законоучителем школы являлся протоиерей Евграф Матвеевич Кудрявцев. В сентябре 1898 году при школе был открыт профессиональный ремесленно-рукодельный класс.
В нижнем этаже здания школы устроен народный зал с библиотекой-читальней. С 1896 года здесь по воскресным и праздничным дням проводились народные чтения, которые нередко сопровождались демонстрацией световых картин, музыкой и пением. Известный в Перми оперный певец А. Д. Городцов почти ежегодно проводил в помещении школы курсы певческой грамоты.
Рождество-Богородицкая церковно-приходская школа располагала загородным детским лагерем в Закамске, куда для восстановления сил отправлялись на летние каникулы дети бедных родителей. Лагерь имел теплые дома для проживания, купальню, место для гимнастики, сад с цветниками, огород, пасеку.
Школа при Богородице-Рождественской церки получила широкую известность и была одной из лучших в Пермской епархии. Малообеспеченные горожане охотно отдавали туда учиться своих детей.
После установления в Пермском крае советской власти, декретом ВЦИК от 20 августа 1918 года здание церковно-приходской школы было муниципализировано. В 1922 году, в период проведения компании по изъятию церковных ценностей, все ценное имущество храма было «реквизировано». В 1926 году Рождество-Богородицкую общину вытеснели из храма обновленцы, которые в 1927 году разместили здесь свое епархиальное управление.
Но в октябре 1928 года Пермский окружной исполком принял решение изъять здание церкви у обновленческой общины и передать его городскому совету под учебное заведение. Таким образом, в январе 1929 года Рождество-Богородицкая церковь была закрыта.
Почти сразу же началось переустройство здания, уничтожившее его исторический облик. В декабре 1928 года была демонтирована колокольня, в 1933 году разобраны купола и заменены четырехскатной кровлей. В здании расположилось общежитие для студентов сначала индустриального, а затем художественного техникумов. С 1933 года в помещении Рождество-Богородицкой церкви располагался стоматологический институт, а с 1941-го – главный корпус Пермского фармацевтического института.
Долгое время здание храма и церковно-приходской школы использовались не по назначению. Но в 2009 году Пермская городская Дума приняла решение возвратить здание церковной школы Пермской епархии для размещения в нем православной классической гимназии. В этом же году и сам храм Рождества Пресвятой Богородицы был передан Церкви. Еще до выезда из него Пермской фармацевтической академии в одном из освобожденных приделов стали регулярно совершаться богослужения.
В настоящее время в храме идут масштабные реставрационные работы. Руководство Пермской епархии намерено полностью восстановить утраченный исторический облик прекрасной некогда церкви, для этого все старинные конструкции не разрушаются, а ремонтируются и укрепляются. Реставраторы надеются, что к концу 2012 года над Пермью засияет еще один золотой купол – купол обновленного Рождество-Богородицкого храма.