Святой мученик Иоанн Воин служил в императорском войске Юлиана Отступника (361-363 годы). Наряду с другими воинами он был послан преследовать и убивать христиан. Оставаясь по наружному виду как бы гонителем, святой Иоанн на деле оказывал гонимым христианам большую помощь: тех, которые были схвачены – освобождал, других предупреждал о грозящей им опасности, содействовал их побегу. Святой Иоанн оказывал милосердие не только христианам, но и всем бедствующим и требующим помощи: посещал больных, утешал скорбящих. Когда Юлиан Отступник узнал о действиях святого, то заключил его в темницу. В 363 году гонитель был убит на войне с персами. Святой Иоанн вышел на свободу и посвятил свою жизнь служению ближним. Скончался он в глубокой старости.
На Руси имя святого мученика Иоанна Воина известно с давних пор. Он почитается как защитник обидимых, страждущих и покровитель воинов. По молитвам святого также обличаются воры и находятся украденные и утерянные вещи. Во многих местах нашего Отечества строились храмы во имя мученика Иоанна Воина.
История Свято-Иоанновской церкви города Перми началась в декабре 1997 года, когда жители микрорайона «Голованово» обратились к епархиальному руководству с инициативой сторительства нового храма. Начинание получило поддержку, и 19 августа 1998 года, в праздник Преображения Господня, на открытой площадке микрорайона «Голованово» священниками епархии был совершен молебен. Первые богослужения стали совершать в здании бывшего детского сада, которое руководство ОАО «Пермский целлюлозно-бумажный комбинат» предоствило новообразованному приходу.
В июне 1999 года, по благословению архиепископа Пермского и Соликамского Афанасия (Кудюка) был образован приход святого мученика Иоанна Воина.
По решению генерального директора ЦБК А. Ю. Бойченко, в 2001 году приходу было передано заброшенное здание бывшего Дома творчества юных, по Сестрорецкой улице. Церковная община, возглавляемая настоятелем, в сжатые сроки отремонтировала и благоукрасила новое помещение, и уже 17 ноября в нем была совершена первая Божественная литургия.
Храм в честь святого мученика Иоанна Воина был освящен малым чином 27 ноября 2001 года, после чего богослужения в нем стали совершаться регулярно. При церкви открыта воскресная школа, приход ведут просветительскую работу с учащимися близ расположенной средней школы. В настоящее время приходу выделяется участок земли для строительства нового каменного храма, который предполагается возвести в ближайшем будущем.