Одним из основных направлений деятельности органов ЧК на протяжении всего периода их существования была борьба с Церковью и духовенством. 20 января 1918 года вышел «Декрет об отделении церкви от государства и школы от церкви», послуживший правовой базой для произвола большевиков по отношению к православным. Верующие Пермской епархии ответили на него многотысячными крестными ходами. 4 февраля в Перми во время крестного хода, возглавляемого епископом Феофаном (Ильменским), произносились речи о гонениях на Церковь.
Решение о закрытии домовых храмов было принято 24 января 1918 года; почти сразу в Пермской духовной семинарии «реквизировали» богатейшую богословскую и фундаментальную библиотеку.
В соответствии с декретом «об отделении Церкви от государства» монастыри и церковные общины лишались права владеть собственностью, права юридического лица. Все церковное имущество объявлялось народным достоянием. Большевики, приступив к конфискации церковного имущества, прежде всего принялись разорять монастыри. «Насилия над православием, – писала газета “Освобождение России”, – началось в Перми с февраля 1918 года. До этого времени рука вражья еще не поднималась на Святыни, и даже не был разогнан состоявшийся незадолго перед тем крестный ход».
6 февраля 1918 года большевики, пришедшие из Перми, напали на Кунгурский Иоанно-Предтеченский женский монастырь и разграбили монастырскую церковь. «Весть о нападении на храмы всколыхнула весь город, и народ, по призывному благовесту, толпами устремился к своим приходским храмам». К Иоанно-Предтеченскому монастырю с чтением акафиста отправился крестный ход. Красноармейцы направили на богомольцев пулемет, но, еще не приведенный в действие, он вдруг сломался. Величественность крестного хода, неустрашимость богомольцев произвели должное воздействие: расстрел не состоялся, и большевики на этот раз отступили.
«9 февраля было ограблено… Белогорское подворье в Перми. Стеной ставший на защиту подворья безоружный народ (в основном женщины) расстрелян из пулеметов и разогнан прикладами прибывших из Мотовилихи “товарищей”».
Мученически погибли иеродиакон подворья Евфимий (Коротков) и его брат Алексий. «Собравшееся для вынесения протеста в Стефановской часовне священство арестовано и выпущено лишь после отобрания подписки не говорить проповедей и не сооружать крестных ходов».
9 мая 1918 года, в день памяти святителя Стефана Великопермского, в Перми состоялся еще один небывалый крестный ход. «Многотысячная людская лавина… имея в центре своих духовных водителей», заполнила несколько кварталов. «Развивающиеся многочисленные хоругви, общенародное пение пасхальных ирмосов… Едва ли когда забудется верующими это торжество Православия». Архиепископ Пермский и Кунгурский Андроник произнес речь, в которой анафематствовал всех восстающих на Церковь.
Как и по всей стране в это время, безбожные власти поощряли ограбление церквей, снятие колоколов, осквернение мощей и сами принимали в этом участие. Спустя несколько лет пермскими активистами будет кощунственно снесено Архиерейское кладбище, находившееся на территории Преображенского кафедрального собора. В 1927 году на месте снесенных могил организуют городской зоопарк.