Первым просветителем земли Пермской стал монах, родом из Устюга, именем Стефан. Жил он в то время, когда Русь была раздроблена на отдельные княжества и кровавые набеги монголов опустошали Русскую землю. Одновременно это были славные времена княжения Димитрия Донского и духовного подвига преподобного Сергия Радонежского.
В 1379 году новый апостол Перми, испросив благословение у епископа Коломенского Герасима, направился в Пермь Вычегодскую. Вдохновленный ревностью к обращению идолопоклонников, он выучился пермскому языку, изобрел для него азбуку, перевел основные богослужебные тексты со славянского на пермский язык. О подвиге святителя Стефана составитель его жития Епифаний Премудрый писал: «Много философов греческих собирали и составляли грамоту греческую, много трудов на это положили и много лет это заняло! А Пермскую грамоту один чернец сложил, один составил, один сочинил!»
Многие пермяне, особенно жрецы, не желали отказываться от языческих верований и упорно сопротивлялись Божьему слову. Нередко Стефан подвергал опасности свою жизнь, но действовал лишь убеждением, силой веры, являя собой образец христианской кротости и смирения. Прошло немало времени, и речи его тронули сердца язычников. Слыша проповедь святого Стефана, многие уверовали и пожелали креститься. Многочисленность паствы, а также удаленность пермских земель от Москвы стали причиной того, что Стефан решился идти в Москву и просить епископа для Перми.
В 1383 году митрополит Киевский Пимен с изволения великого князя Димитрия Донского благословил основать на Вычегде Пермскую епархию с кафедрой в Иемдыне (по-русски Усть-Выми) – столице Вымских князей. Во главе же ее был поставлен сам епископ Стефан.
Вернувшись в Пермскую землю, Стефан, как о том пишет святой Епифаний, «и грамоте пермской учил, и книги писал, и церкви святые ставил, и… монастыри основывал… и священников и попов и дьяконов сам поставлял. …И священники на пермском языке служили обедню, заутреню и вечерню, пели на пермском языке… и чтецы читали на пермском наречии, певцы же всякое пение пермское возглашали».
Однако создание Москвой Пермской епархии было воспринято в Новгороде как вторжение в Новгородскую архиепископию. «Лета 6893 (1385 год) владыко новугородский разгневан бысть зело – како посмел Пимен митрополит дати епархию в Перме, в вотчине святей Софии, и послал дружинники воевати Пермскую епархию», – сообщает Вычегодско-Вымская летопись. Но благодаря мудрости великого князя Димитрия Донского и митрополита Пимена, боевые действия удалось свести к приграничным столкновениям. Тем не менее в самой Малой Перми новгородские ушкуйники продолжали грабить пермян. Конфликт длился два года, пока епископ Стефан сам не отправился в Великий Новгород на переговоры о мире с архиепископом Новгородским и новгородскими боярами.
В 1386 году Пермский святитель «из глубины Перми путями глухими» прибыл в Великий Новгород. Он добился расположения к себе новгородского архиепископа Алексия, а слава апостола Перми заблаговременно привлекла к нему общую любовь новгородцев. На вече «посадник, бояре и все люди житые держали сторону Стефана. Положено было удовлетворить справедливые его жалобы… и впредь под строжайшею опалою на ослушников запретить всей вольнице новгородской касаться пределов Усть-Вымской епархии».
Таким образом, равноапостольное служение святителя Стефана было важно и для самой России. Благодаря его подвигу фактическое управление Пермью Вычегодской стало осуществляться из Москвы, а Пермская епархия явилась форпостом, откуда распространение христианства пошло далее – на Урал и в Сибирские земли. Все это послужило великому делу постепенного собирания Руси вокруг Московского княжества.
В дальнейшем церковные историки поставили имя святителя Стефана Пермского в один ряд с игуменом земли Русской преподобным Сергием Радонежским. В памяти же зырянского народа, который назвал епископа Стефана «отцом своим», он остался не просто как первосвятитель, но и как народный герой. Скончался святитель 29 апреля 1396 года в Москве, куда приехал по делам церковным, и похоронен был в Кремле, в северном приделе собора Спаса на Бору. Сохранилась бесценная реликвия – апостольский посох святителя, впоследствии обложенный костью с вырезанными по ней изображениями подвигов святого и надписью: «Се есть деяние епископа Стефана Пермского».
В 1398 году управляющим Пермской епархией был поставлен епископ Исаакий. Ко времени его правления надо отнести открытие некоторых монастырей, в которых многочисленные иноки занимались просвещением народа, написанием святых книг и икон. В правление того же архипастыря пермские миссионеры – иноки новооснованной на реке Печоре, в 600 верстах от Усть-Сысольска, Троицкой пустыни – просветили зырян, живших по берегам этой реки до Пустозерска, и долгое время служили здесь вместо приходских священников.Епископ Исаакий скончался около 1416 года, правив Пермской епархией не менее 19 лет.
В 1418 году Пермскую кафедру занял епископ Герасим. Предание говорит, что он был «муж святой жизни; с ревностью очищал плевелы, появившиеся на ниве Христовой». Существует мнение, что, совершая многочисленные миссионерские поездки, в 1419 году святитель появился даже на Каме, проповедуя христианство жителям Перми Великой.
Поскольку в то время Москва была еще неспособна контролировать ситуацию на северо-востоке Руси, задачей епископа, кроме проповеди Евангелия, являлась защита христианского населения – пермяков от нападений соседей: вогулов и вятчан. Архипастырь старался водворить покой и порядок в пострадавших деревнях и селениях: он проникал в самые глухие места – «одних утешал, другим помогал, иным одалживал – никому ни в чем не отказывал».
Такими подвигами Преосвященный заслужил себе имя благодетеля народа. Деятельность епископа Герасима была настолько плодотворной, что уже в 1429 году митрополит Фотий сказал о Перми Вычегодской: «Ныне страна чисто и православно совершает службу Божию по закону христианскому».
Под влиянием проповеди епископа Герасима дикие вогуличи как будто смягчались. Но 24 января 1447 года, во время очередного объезда епархии, святитель был убит своим же послушником-вогулом.
Преемником святителя Герасима на Пермской кафедре был избран архимандрит Чудова монастыря Питирим, человек благочестивый и просвещенный, приближенный к великокняжескому двору. Раздоры русских князей в борьбе за великокняжеский престол способствовали новым набегам остяков и вогулов во главе с князем Асыкой на земли зырян. На этот раз усмирить дикарей решили новгородцы, владевшие землями по рекам Ваге и Двине. Воинственный князь вогуличей Асыка был взят в плен и принужден дать клятву более не тревожить христиан.
В мирное время епископ Питирим неутомимо учил и просвещал пермян, объезжал их селения, распространял духовные книги. Древнее житие святителя говорит, что он проповедовал не только в храмах, но и на открытых местах, в окружении большого количества людей. Вычегодско-Вымская летопись свидетельствует, что епископ впервые вышел с проповедью за пределы своей епархии и крестил жителей Перми Великой и ее столицы Чердыни. Апостольская ревность святителя была настолько велика, что даже враги зырян – вогулы, жившие по соседству, под воздействием его проповеди стали постепенно принимать христианство. Но влияние епископа на вогулов вызвало ненависть князя Асыки.
19 августа 1455 года святитель Питирим был убит во время нападения толпы вогуличей их предводителем князем Асыкой. После гибели святителя Питирима, в 1455 году на Пермскую кафедру вступил епископ Иона. Его прошлое мало известно, но очевидна близость епископа Ионы к Московскому митрополиту Ионе и властным кругам Москвы.
Епископу Ионе довелось святительствовать в благоприятное время. В 1458 году московские власти всерьез озаботились положением северо-восточных границ государства. В 1458–1459 годах московское воинство покорило вятчан, принимавших участие в грабежах поселений крещеных зырян и убийстве святителя Питирима. Заручившись покровительством великого князя, святитель замыслил присоединить к своей епархии Пермь Великую, в то время территориально еще независимую от Московского княжества.
В 1462 году из Великого Устюга по Вятке и Каме вместе с устюжанами, вологжанами и галичанами в Пермь Великую проникает московская рать. Целью этого похода являлось крещение Великой Перми и укрепление московских позиций в крае.
По сообщению русских летописей, святитель Иона с московским воинством двинулся к столице Перми Великой – городу Чердыни, где в том же 1462 году крестил местного князя Михаила Ермолаевича и его ближайших подданных.
Вслед за обращением зырянской знати началось крещение простого народа Великой Перми. Святитель разрушал языческие капища, сокрушал идолов, сооружал храмы, при которых заводил училища, направлял из Усть-Выми священников. Как говорит летопись, епископ Иона «крестил Великую Пермь» или, по другой летописи, «добавне крести», то есть крестил окончательно. Это стало главной заслугой святителя. Пермь Великая вошла в состав Пермской епархии и стала форпостом, откуда христианство распространялось далее – в Сибирь.
Важное политическое значение в крае приобретает город Чердынь. Здесь сосредотачивается главное гражданское и военное управление всего Великопермского края. Уже с начала XVI века в Чердыни стали жить наместники и воеводы великих государей Московских.
В 1462–1463 годах, по благословению святителя Ионы, великопермский князь Михаил Ермолаевич основал в Чердыни первый на Урале Иоанно-Богословский мужской монастырь, ставший родовой усыпальницей великопермских князей. В дальнейшем и другие князья Перми Великой строили новые храмы и жаловали им земли. Сохранился древнейший синодик Чердынского Иоанно-Богословского монастыря, первая запись в котором датируется 1477 годом.
Деревянная монастырская церковь Иоанна Богослова в начале XVIII века была заменена каменной. Теперь это памятник архитектуры федерального значения и одна из древнейших на Урале святынь. В храме сохранился древний иконостас, иконы и другие святыни Перми Великой.
В верхней трапезной этой церкви находится икона, запечатлевшая принятие христианства Великой Пермью. На фоне Иоанно-Богословского монастыря и горы Полюд изображен епископ Иона Пермский, «крестивший жителей Перми Великой при князе Михаиле в 1462 году».
В 1472 году вся земля Перми Великой Чердыни была приведена под власть великого князя. А в 1478 году Новгород был окончательно присоединен к Московскому государству. Этими событиями завершилась борьба за Пермь Великую между Москвой и Новгородом. Великая Пермь, приумножая богатство и славу России, стала составной частью Русского государства. Это явилось событием огромной важности и для местных народов. Благодаря включению коми-пермяцких племен в Русский мир, из положения лесных охотников и рыболовов они поднялись на уровень письменного христианского народа России и Европы, овладели земледелием и ремеслами.
Святитель Иона после многотрудных архипастырских трудов мирно почил 6 июня 1470 года в кафедральном граде Усть-Выми на Вычегде. По свидетельству летописца, «положено бысть святое тело его на Усть-Выми, в его епископии, близ мощей святых в церкви, по левую сторону епископов Герасима и Питирима, Усть-Вымских чудотворцев, идеже все три вкупе почивают и чудеса творят и исцеления различные подают с верою приходящим».
Для управления Пермской страной великий князь Иоанн III поставил плененного при завоевании Пермского князя Михаила – он стал править Великой Пермью уже как «присяжник» Государя Московского. Но правителем он являлся лишь номинально. Устроить край, ввести в новопокоренной стране систему гражданского управления надлежало шестому архипастырю Пермской епархии – епископу Филофею.
Преосвященный Филофей до принятия архиерейского сана был игуменом известной обители Русского Севера – Ферапонтова монастыря. Сосредоточив по воле великого князя в своих руках власть духовную и гражданскую, с необыкновенным усердием занялся архипастырь устройством новопокоренной страны.
Заботясь о внутреннем устройстве края, епископ Филофей прилагал попечение и о духовном просвещении народа. Будучи уже пожилым человеком, преосвященный изучил зырянский язык. Он был последним пермским епископом, знавшим язык своей паствы.
К концу XV века Пермская епархия перестала быть пограничной, полуязыческой областью. Исключение составляла лишь недавно крещенная Великая Пермь, где позиции язычества были еще сильны. Епископ Филофей не оставлял вниманием эту часть епархии, прилагая большие усилия для укрепления там православия.
На время деятельности первых епископов Перми приходится расширение пределов Пермской епархии. Обширную территорию этого края впоследствии занимали четыре крупные губернии: Архангельская, Вологодская, Вятская и Пермская. По повелению великого князя Иоанна III в 1492 году к Пермской епархии была присоединена и Вологда с ее окрестностями. Теперь епархия стала состоять из трех частей: Перми Вычегодской, Перми Великой и удаленной от них на сотни километров русской Вологды. С того времени пермские епископы стали именоваться Пермскими и Вологодскими.
В апреле 1501 года епископ Филофей удалился на покой в Кирилло-Белозерский монастырь в Вологодской земле, где и скончался в августе 1501 года.