17 октября 1893 года, в воскресный день, в Пермском кафедральном соборе епископом Пермским и Соликамским Петром (Лосевым) было совершено присоединение к Православию «одного из видных на Урале деятелей раскола вообще и последователя австрийской иерархии в частности – жителя Юго-Кнауфского завода В.Е. Коноплева, восприемником которого, при совершении таинства миропомазания, изволил быть г. начальник Пермской губернии П.Г. Погодин».
К тому времени желание отца Стефана Луканина устроить в Белогорье мужской монастырь с просветительной целью приближалось к своему воплощению. На Белой Горе многое уже было для этого сделано, не хватало только насельников. Однако всенародное раскаяние Василия Коноплева, его решительный шаг разорвать навсегда всякую связь с расколом подавали надежду на него как «на природного и ближайшего насельника» зарождающейся обители. И Василий Ефимович эту надежду вполне оправдал.
6 ноября 1893 года епископом Петром он был облечен в рясофор. 1 февраля 1894 года в Крестовой церкви эконом Архиерейского дома иеромонах Аркадий постриг инока Василия в мантию с наречением его именем Варлаам. На следующий день в семинарской церкви епископом Пермским и Соликамским Петром (Лосевым) монах Варлаам был рукоположен в иеродиакона.
На Белой Горе тем временем полным ходом шло строительство Свято-Николаевского храма. Освящение его состоялось 22 февраля 1894 года.
22 февраля 1894 года иеродиакон Варлаам (Коноплев) епископом Петром был рукоположен в сан иеромонаха и 4 марта назначен помощником епархиального миссионера в Осинском уезде.
На Белой Горе продолжались работы по устройству монастыря. В праздник Всех Святых, 12 июня 1894 года, отслужив Божественную литургию в Николаевском храме, епископ Пермский и Соликамский Петр совершил освящение и закладку Иверского храма и во имя Всех Святых (нижнего, зимнего храма). 18 ноября 1894 года Владыка назначил иеромонаха Варлаама (Коноплева) управляющим новостроящегося монастыря. Сам же миссионертроитель отец Стефан Луканин 15 ноября 1894 года за устройство Белогорского монастыря был возведен в сан протоиерея.
В том же году на Белой Горе началось строительство настоятельского и братского корпусов. Была открыта школа для мальчиков-сирот, где детей обучали грамоте, церковному пению и различным ремеслам.
30 января 1897 года иеромонах Варлаам (Коноплев) был назначен первым настоятелем Белогорской обители назначили. Бывший начетчик поселяется на Белой Горе, в центре раскола Пермской губернии, и начинает дело просвещения старообрядцев.
В сентябре 1899 года в Перми открылось подворье Белогорского монастыря, здесь в 1903 году была построена церковь во имя святителя Иоанна Златоуста. На подворье останавливались по делам службы настоятель и братия. Постоянно проживало здесь около пятидесяти иноков.
В 1898 году в благословение монастырю со Святой Афонской горы был привезен образ Божией Матери «Иверская» – копия чудотворной иконы. После разорения Белогорской обители и уничтожения деревянного Иверского храма чудотворная икона пропала. Судьба ее неизвестна.
За первое десятилетие своего существования число насельников Белогорской обители увеличилось с 12 до 400 человек. Монахами был построен каменный братский корпус, где также находилась трапезная. Братия постепенно создавали свое собственное хозяйство, сами расчищали лес под пашни и луга, полностью обеспечивая пропитанием не только себя, но и многочисленных паломников.
При монастыре были организованы различные мастерские: слесарная, столярная, кожевенная, сапожная, портняжная. Славились своим мастерством и монастырские иконописцы. В мастерских обители изготавливалась различная церковная утварь, ризы на иконы, переплеты для книг – из кожи, сафьяна, бархата. Была даже своя фотография.
Одним из свидетельств высокого духовного взлета Белогорского монастыря стало учреждение «старчества» по примеру знаменитой своими старцами Оптиной пустыни. Старцы, то есть опытные в духовной жизни монахи, жили особой, уединенной жизнью. Для этой цели в пяти верстах от обители был устроен Серафимо-Алексиевский скит, где проживало 35 монахов, придерживавшихся еще более строгих общежительных правил – полного уединения и безмолвия.
Новой вершиной духовного расцвета Белогорской обители стало строительство величественного каменного соборного храма в честь Воздвижения Животворящего Креста Господня – с приделами во имя святители Николая Чудотворца и святого Иоанна Предтечи. Собор возводился в память чудесного спасения в Японии жизни Государя Императора Николая II в бытность его Наследником престола. Освящение места и закладка Крестовоздвиженского храма состоялась 24 июня 1902 года.
К 1909 году число братии обители составило уже более 400 человек. Белогорские насельники наладили значительное сельскохозяйственное производство – хлебопашество и скотоводство. Развивалось огородничество, пчеловодство и рыболовство (монастырь владел 9 прудами). Немногим позже, в годы Первой мировой войны, белогорские насельники могли не только обеспечивать себя и своим трудом зарабатывать средства на строительство собора, но и жертвовали на нужды Российской армии.
Новая миссионерская обитель встретила сочувствие у русских людей и в народе стала именоваться «Уральским Афоном». Ее настоятель продолжал поддерживать здесь строгое уставное богослужение и, памятуя, что монастырь миссионерский, поставил на должную высоту проповедь. Поучения произносились здесь за каждым богослужением.
Благочестивая и богоугодная жизнь братии Белогорского монастыря стала примером к подражанию для окрестного населения. Обитель явилась могучим корнем, от которого образовались новые иноческие обители Пермской епархии.
Так, в сентябре 1905 года на горе Благодать белогорским иеромонахом Серафимом (Кузнецовым) было положено основание мужской обители, 29 апреля 1914 года утвержденной Святейшим Синодом как «Гороблагодатское Свято-Троицкое мужское общежитие».
В 1908 году в Осинском уезде была образована мужская община, 7 января 1910 года решением Святейшего Синода обращенная в Фаворскую Спасо-Преображенскую пустынь. Строителем и настоятелем новой обители был назначен иеромонах (впоследствии епископ) Ювеналий (Килин). За недолгое время обитель стала одной из крупнейших в епархии и являлась, как и Белогорский монастырь, излюбленным местом паломничества жителей не только Пермского края, но и окрестных губерний. В год обитель посещало до 20 тысяч богомольцев. Фаворский монастырь был известен строгостью устава, истовыми богослужениями и подвижнической жизнью монахов.
Кроме того, при непосредственной поддержке Белогорского монастыря были образованы: Благодатное Свято-Троицкое мужское общежитие близ Юговского завода, Благовещенская иноческая мужская община близ Чусовского завода Пермского уезда, Спасо-Преображенская мужская миссионерская община в Рябковской волости Осинского уезда, мужская иноческая обитель в местности Иосифова Гарь возле Оханска. Также при участии белогорцев открыты женские обители – Бахаревская Серафимо-Алексеевская Богородице-Казанская и Шамарская Елисавето-Мариинская.
В июне 1914 года во время своего паломничества по пермской земле Белогорский монастырь и Серафимо-Алексиевский скит, а также и Фаворскую пустынь посетила Великая Княгиня Елисавета Феодоровна Романова.